Chaque membre actionnaire de Shelter Afrique a droit à un représentant au Conseil de gouvernance, qui comprend généralement les ministres des finances ou les ministres de la planification économique pour les membres régionaux, et des fonctionnaires de haut rang pour les membres non régionaux et institutionnels. Le Conseil de gouvernance nomme également les directeurs non exécutifs du Conseil d’administration.